C'est à partir des collections royales, de la confiscation des biens du clergé et des émigrés que la Révolution constitue les premières collections publiques. La République naissante fait dresser l'inventaire scrupuleux des "tableaux, dessins et statues", des "modèles de machines" et des séries d'histoire naturelle qui ont vocation à rejoindre le "Muséum central des Arts" créé en 1793 au Louvre, mais aussi le musée des sciences et techniques et le muséum d'histoire naturelle.

Sous le Consulat, l'arrêté consulaire du 14 fructidor an IX (ler septembre 1801) répartit entre quinze grandes villes de province (dont Bruxelles, Mayence et Genève) les premiers grands dépôts de l'Etat, amorçant une politique qui tout au long
du XIXème siècle viendra enrichir les collections locales.

L'organisation et les modes de fonctionnement des musées étaient jusqu’alors plus le fait de textes partiels et de jurisprudences diverses que de textes systématiques. Seuls les musées de Beaux-Arts avaient véritablement fait l'objet,
le 17 avril 1945, d'une ordonnance qui en définissait "l'organisation provisoire". Par ailleurs, les musées d'histoire naturelle étaient régis par le décret 48-734 du 27 avril 1948 relatif à l'organisation du service national de muséologie des sciences naturelles.

La loi du 4 janvier 2002 a suppléé cette lacune en instituant un statut spécifique destiné aux " musées de France ", musées répondant à des critères scientifiques et culturels précis. Cette appellation réservée aux établissements qui en auront fait la demande, constitue désormais un label clairement identifiable par le public.